Project Info
Project Description
Le manque de connaissances sur la diversité virale dans les écosystèmes limite la compréhension du fonctionnement global des agroécosystèmes et empêche d’identifier les facteurs de risque d’émergence de nouvelles maladies virales de plantes. L’essor récent du séquençage haut-débit et de la métagénomique a permis d’entrevoir la diversité du virome présent dans l’environnement et d’identifier des virus de plantes qui étaient jusqu’alors ignorés par des analyses ciblées. Au cours du projet Etendard Agropolis E-SPACE (2015-2019), des données de métagénomique virale ont été générées sur des échantillons de riz provenant de 6 sites (45 parcelles) représentatifs de la riziculture burkinabè irriguée et de bas-fond. En plus des virus déjà connus (Rice yellow mottle virus), ces analyses ont permis d’identifier 5 nouvelles espèces virales infectant le riz. Les séquences obtenues en métagénomique ont permis de dessiner des amorces spécifiques pouvant être utilisées comme outils de diagnostic. Ces amorces seront validées en amont de ce projet sur les échantillons collectés au cours du projet E-SPACE.
De nombreuses questions emergent suite à ces résultats préliminaires: que représentent ces nouvelles espèces virales au niveau biologique et agronomique ? Quelle est la pression sanitaire exercée par ces virus dans les zones rizicoles où ils ont été identifiés ? S’agit-il de nouvelles menaces pour la riziculture
burkinabè ?
Les objectifs de ce projet seront donc i) d’évaluer la prévalence de ces nouveaux virus, et ii) de tester l’inoculation expérimentale de ces virus pour en mesurer la virulence et la pathogénicité sur le riz.
