LMI Pathobios

RiPaBIOME: Microbiome pathogénique du riz : interactions intra-plante entre bactéries et champignons en Afrique de l’Ouest

Project Info

Project Description

Les recherches sur les mécanismes de l’infection, l’épidémiologie et l’évolution des agents pathogènes se sont focalisées sur l’interaction intime entre une paire d’espèce (‘un hôte / un agent pathogène’). Cependant, les agents pathogènes partagent en réalité leurs hôtes avec une multitude d’autres micro-organismes dont certains sont pathogènes (co-infection). Ce contexte de co-infection peut avoir des conséquences drastiques sur le résultat de l’infection, l’épidémiologie et la trajectoire évolutive des populations d’agents pathogènes.

Nous étudions les interactions entre agents pathogènes au sein du plant de riz au Burkina Faso en se focalisant en particulier sur les maladies bactériennes (Xanthomonas oryzae) et fongiques (Magnaporthe oryzae and Bipolaris oryzae) afin de tester l’hypothèse d’un effet des interactions intra-plante sur le développement de la maladie et l’évolution des populations de pathogènes.

Pour ce faire, un travail de terrain est mené dans des rizières suivies depuis 2015 pour l’incidence des maladies majeures du riz. Des observations de symptômes, et des techniques de diagnostic moléculaire, sont appliquées pour obtenir une description spatio-temporelle de la distribution des maladies considérées et pour détecter des associations significatives. Une approche expérimentale est aussi en cours afin de comparer l’infection en cas de co-infection, par rapport au témoin ‘mono-infection’ afin de détecter des interactions positives ou négatives. Enfin, nous testons l’hypothèse d’un effet de la co-infection sur l’évolution des populations d’agents pathogènes en caractérisant la structure génétique de certaines maladies en utilisant des marqueurs génétiques.

Les résultats attendus renforceront les connaissances sur chacune des maladies considérées individuellement (distribution, incidence et structure génétique) et sur l’effet de la co-infection sur l’issue de l’infection, l’épidémiologie et l’évolution des populations de pathogènes. Une telle prise en compte conjointe de plusieurs maladies d’une même culture fournira des informations d’importance pour une meilleure gestion des bio-agresseurs respectueuse de la santé et de l’environnement.

 

Principaux partenaires :

IRD, INERA, Cirad

 

Bailleur :

Labex Agropolis http://www.agropolis-fondation.fr/  Projet ‘jeune chercheur’

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