LMI Pathobios

Plateforme de Bobo Dioulasso

Laboratoire de Bobo-Dioulasso

Le Laboratoire Mixte International (LMI) PathoBios est une plateforme opérationnelle en phytopathologie, basée au Burkina Faso, avec un réseau sous-régional.

Initié en 2013 sur la base de collaborations de long-terme entre l’IRD et l’INERA, PathoBios est basé sur deux sites: Kamboinsé, à proximité de Ouagadougou (virologie, mycologie et biotechnologies) et Bobo-Dioulasso (bactériologie, mycologie et nématologie).

Ce poster se focalise particulièrement sur les recherches menées à Bobo-Dioulasso en bactériologie.

 

Plateforme opérationnelle


  • Plateforme de biologie moléculaire:

Extractions d’ADN, amplification par PCR et révélation sur gel d’agarose

– Diagnostic des principaux agents pathogènes

– Séquençage de gènes d’intérêt

  • Plateforme de bactériologie
  • Plateforme de mycologie
  • Plateforme de nématologie

Diagnostic bactériens, champignons, nématodes, infections expérimentales en conditions semi-contrôlées

Le laboratoire de moléculaire (site de l’ex-PV)  où sont réalisées les extractions d’ADN et amplification par PCR. biologie

  • Parcelles d’études multi-disciplinaires sur le riz

Mises en place chaque année depuis 2014 sur deux sites (bas-fonds de Banfora et périmètre irrigué de Karfiguela), ces parcelles expérimentales implantées au sein de l’agro-écosystème permettent un suivi pluri-annuel du cortège de bio- agresseurs (virus, bactéries, champignons, nématodes, insectes et plantes adventices) grâce à un travail collaboratif associant phytopathologie, entomologie et malherbologie.

Vue de la parcelle d’étude de Banfora: quatre variétés homologuées au Burkina sont disposées en blocs randomisés avec un traitement désherbé et un traitement enherbé.

Axes de recherches 


 

  • Structuration génétique des populations de pathogènes

La structuration des populations d’agents pathogènes est étudiée grâce à des marqueurs microsatellites pour divers espèces de Xanthomonas (affectant le riz, le manioc ou le manguier) ou des champignons tels que la pyriculariose.

Les résultats montrent une absence de différentiation génétique entre les populations de Xanthomonas citri pv. mangiferaeindicae collectées sur le manguier et sur l’anacardier.

Les données de pathogénie sont en accord avec ces données génétiques, permettant de conclure à une absence de spécialisation d’hôte chez cette espèce bactérienne.

Zombre et al. (2016)

 

  • Méthodes de lutte: Résistance variétale, extraits de plante

Des résultats obtenus en conditions contrôlées ont montré que des variétés de riz homologuées au Burkina Faso sont résistantes aux bactéries Xanthomonas oryzae.

Des essais au champ sont en cours afin d’évaluer la durabilité de telles résistances et de détecter  d’éventuels événements de contournement.                                                        Wonni et al. (2016)

Par ailleurs, l’utilisation d’extraits de plante est une autre méthode de lutte étudiée. Ainsi, par exemple, l’huile essentielle de Cymbopogon citratus permet l’inhibition de la croissance des Xanthomonas oryzae in vitro.

Wonni et al. (2016)

 

  • Etude de la co-infection et suivis épidémiologiques multi-pathogènes

Les résultats obtenus sur l’interaction entre le virus RYMV et la bactérie Xoc chez le riz montrent que la co-infection est fréquente dans l’agro-écosystème. Expérimentalement, un effet réciproque a été mis en évidence en contexte de co-infection, avec une implication probable des mécanismes de défense de la plante de type ‘RNA silencing’.                                                                                                     Tollenaere et al. (2017)

Des suivis épidémiologiques multi-pathogènes sont en cours ainsi que des approches expérimentales afin d’étudier les interactions existant entre les différents agents pathogènes majeurs chez le riz.

 

  • Microbiome des plantes, des semences, et des vecteurs

La caractérisation des communautés bactériennes et fongiques de plante est en cours par des d’approches de diagnostic ciblé, de metabarcoding et de microbiologie. Cette dernière approche («cultivable») permet d’envisager des tests in-vivo des micro-organismes étudiés pour leurs propriétés de bio-fertilisant et/ou bio-contrôle.

Formation

  • Encadrement de nombreux stagiaires issus de différentes formations au Burkina Faso (Université Nazi Boni, Centre Agricole Polyvalent de Matourkou, Université Ouaga1 Pr Joseph Ki-Zerbo, Université Aube Nouvelle) ou de l’étranger (Université Cheikh Anta Diop, Université Félix Houphouët-Boigny)
  • Organisation d’ateliers spécifiques sur des thématiques variées telles que le diagnostic moléculaire, séquençage SANGER et haut-débit, analyse biostatistique, en collaboration avec les universités du Burkina Faso
  • Renforcement des capacités des producteurs et agents d’agriculture sur les pratiques agricoles

En haut à gauche et au milieu: formation à la biologie moléculaire pour les étudiants (septembre 2016). En bas à gauche: workshop sur « les stratégies de lutte innovantes contre les bactérioses, basées sur la connaissance des mécanismes moléculaires de l’interaction » (octobre 2017). A droite (haut et bas): formation des producteurs de semences de riz.

 

Publications récentes


 

  • Kassankogno A, Ouedrogo I, Tiendrebeogo A, Ouedraogo L, Sankara P. 2015. In vitro evaluation of the effect of aqueous extracts of Agave sisalana and Cymbopogon citratus on mycelial growth and conidia production of Pyricularia oryzae, causal agent of rice blast. Journal of Applied Biosciences. 89
  • Tollenaere C, Lacombe S, Wonni I, Barro M, Ndougonna C, Gnacko F, Sérémé D, Jacobs J, Hebrard E, Cunnac S, Brugidou C. 2017. Virus-bacteria rice co-infection in Africa: field estimation, reciprocal effects, molecular mechanisms, and evolutionary implications. Frontiers in Plant Science. 8:645.
  • Wonni I, Cottyn B, Detemmerman L, Dao S, Ouedraogo L, Sarra S, Tekete C, Poussier S, Corral R, Triplett L, Koita O, Koebnik R, Leach J, Szurek B, Maes M, Verdier V. 2014. Analysis of Xanthomonas oryzae pv. oryzicola population in Mali and Burkina Faso reveals a high level of genetic and pathogenic diversity. Phytopathology. 104:520-31.
  • Wonni I, Hutin M, Ouédrago L, Somda I, Verdier V. 2016. Evaluation of elite rice varieties unmasks new sources of bacterial blight and leaf streak resistance for Africa. Journal of Rice Research. 4: 162.
  • Wonni I, Ouedraogo SL, Ouedraogo I, Sanogo L. 2016. Antibacterial activity of extracts of three aromaticplants from Burkina Faso against rice pathogen, Xanthomanas oryzae. African Journal of Microbiology. 10: 681-686.
  • Zombre C, Sankara P, Ouédraogo SL, Wonni I, Boyer K, Boyer C, Terville M, Javegny S, Allibert A, Vernière C, Pruvost O. 2016. Natural Infection of cashew (Anacardium occidentale) by Xanthomonas citri pv. mangiferaeindicae in Burkina Faso. Plant Disease, 100 (4): 718-723.

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