LMI Pathobios

FORMATION EN BIOLOGIE MOLECULAIRE

Applications pour le diagnostic et la description de la diversité génétique en phytopathologie
Lieu :
Laboratoire de Recherches en Phytopathologie (ex PV) / INERA Bobo-Dioulasso
Organisateurs :
Léonard Ouedraogo, Issa Wonni, Charlotte Tollenaere
Nombre de participants:
12 participants (techniciens et ingénieurs INERA, doctorants ou élèves- ingénieurs).

Lundi 19 septembre

La formation a commencé par les discours d’ouverture par le directeur du laboratoire, Dr L. Ouedraogo, le chef du programme « riz et riziculture », Dr I. Ouedraogo et le chef du programme « Cultures maraichères et fruitières et plantes à tubercules », Dr Tarpaga.

Le contexte de la formation a été présenté, ainsi que le LMI Patho-Bios (‘Observatoire des agents phytopathogènes en Afrique de l’Ouest’) et le programme prévu pour la semaine.

La formation a ensuite commencé par deux présentations théoriques : l’une sur des « Rappels généraux en biologie moléculaire : Cellules, acides nucléiques et enzymes » et l’autre sur des « Généralités sur le diagnostic en phytopathologie », et notamment le diagnostic moléculaire.

La première matinée s’est terminée par une visite du laboratoire.

Mardi 20 septembre

Le deuxième jour était consacré à l’étape d’extraction des acides nucléiques. Deux groupes ont pratiqués chacun une méthode : 1/ extraction d’ADN de bactéries Xanthomonas oryzae avec le Dr I. Wonni et 2/ extraction d’ADN de champignons phytopathogènes avec A. Tiendrebeogo.

Une présentation sur les bonnes pratiques de laboratoire et les règles d’hygiène et sécurité a été réalisée par M. Douanio.

Mercredi 21 septembre

Le troisième jour était dédié à l’étape de PCR. Des rappels théoriques ont tout d’abord été présentés, puis, chaque groupe a effectué une PCR à partir des échantillons d’ADN obtenus extraits la veille avec Dr C. Tollenaere. Une PCR de de diagnostic Xanhomonas oryzae a été réalisée sur les ADNs bactériens (groupe 1) et l’amplification de l’ITS a été réalisée sur les ADNs fungiques (groupe 2).

Jeudi 22 septembre

Les manipulations réalisées lors des deux jours précédents ont été discutées dans le cadre de la rédaction d’un cahier de laboratoire. Une présentation théorique sur les techniques de «Reverse Transcription et PCR quantitative» a été réalisée.

Enfin, une électrophorèse sur gel d’agarose a été réalisée pour chacun des groupes avec Dr C. Tollenaere, afin de visualiser les résultats de la PCR.

Vendredi 23 septembre

Une présentation sur le séquençage et l’analyse des séquences d’ADN a été réalisée. Puis deux séminaires ont portés sur des applications de la biologie moléculaire. Dr Cyrille Zombre a présenté ses méthodes et résultats obtenus sur la bactériose du manguier tandis que la présentation de Dr Abalo Raoul Kassankogno a porté sur la pyriculariose du riz.

La formation s’est terminée par une évaluation globale de la semaine. 90% des étudiants ont trouvé le niveau de la formation adapté. Ils ont souligné l’intérêt porté aux manipulations réalisées, et ont apprécié les parties pratiques de la formation. Des propositions ont été apportées pour des formations ultérieures sur les thématiques suivantes : quantification de l’expression génique, transfert de gènes, marqueurs microsatellites polymorphisme, phylogénie, lamp… L’approfondissement des manipulations au laboratoire et de l’analyse des séquences a été recommandé, ainsi que l’organisation de nouvelles sessions qui pourraient profiter à d’autres étudiants.

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