LMI Pathobios

Formation en Bioinformatique 2016

"Bioinformatique et analyse de données NGS"
Lieu :
IRD Ouagadougou
Nombre de participants:
20 participants

Objectifs de la réunion

Cette table ronde fait suite à l‘atelier « bio-informatique et analyse de données NGS » organisée par le LMI Patho-Bios et financée par l’IRD qui s’est déroulée du 14 au 18 Novembre, au Centre IRD de Ouagadougou. Elle a été organisée par le LMI pour discuter comment pérenniser ce type de formation qui n’existe pas dans les Universités du Burkina, définir les besoins en bio-informatique des étudiants et des chercheurs au sein du LMI et plus largement des instituts du Burkina Faso et définir des scénarios/solutions possibles pour répondre à ces besoins.

Lundi 14 Novembre

9h-13h : Ouverture de l’atelier : présentation des formateurs, présentation des participants et les attentes, présentation du programme de la semaine

Présentation plate-forme bioinformatique montpelliéraine « South Green » et collectif « C2B »

Séminaire d’introduction à la génomique et bioinformatique (D. Brunel), Discussions

14h-17h : Introduction générale à la bioinformatique

Mardi 15 Novembre

9h-13h: Initiation à l’environnement Galaxy

Application à la recherche de microsatellites et définition de primers

14h-17h : Initiation à la ligne de commande et environnement Linux

Mercredi 16 Novembre

9h-13h : Initiation à la ligne de commande et environnement Linux.

Application à la phylogénie (cours + TD)

14h-17h : Introduction à l’analyse de données NGS (des données brutes au mapping) (cours + TD)

Jeudi 17 Novembre

9h-13h : RNA-Seq et analyse d’expression différentielle de gènes (cours + TD)

Analyse de variants (SNPs, Indels, variants structuraux) et GWAS (cours)

14h-17h: Métagénomique/barcoding (métagénomique ciblée et shotgun) (cours)

Vendredi 18 Novembre

9h-13h : Session parallèle 1: Métagénomique/barcoding (métagénomique ciblée et shotgun) (TP)

Session parallèle 2: Analyse de variants (SNPs, Indels, variants structuraux) et GWAS (TP)

14h-17h : Session parallèle 1: Métagénomique/barcoding (métagénomique ciblée et shotgun) (TP)

Session parallèle 2: Analyse de variants (SNPs, Indels, variants structuraux) et GWAS (TP)

Evaluation de la semaine

Table ronde finale

Une réunion a fait suite à l‘atelier « bio-informatique et analyse de données NGS » le 19 Novembre, au Centre IRD de Ouagadougou. Elle a été organisée par le LMI PathoBios afin de discuter comment pérenniser ce type de formation qui n’existe pas dans les Universités du Burkina, définir les besoins en bio-informatique des étudiants et des chercheurs au sein du LMI et plus largement des instituts du Burkina Faso et définir des scénarios/solutions possibles pour répondre à ces besoins.

Télécharger le CR_reunion-TableRonde19-11

 

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