Présentation

Les avancées spectaculaires des technologies de séquençage de deuxième et troisième générations sont de véritables révolutions pour les recherches en sciences de la vie et de la santé. Ces nouvelles technologies permettent le séquençage en quelques semaines de génomes entiers d’organismes complexes, générant une importante masse d’informations génomiques et protéomiques. Toutefois, l’analyse de tels volumes d’informations nécessite des compétences en linux, en bioinformatique ainsi qu’une bonne connaissance et maitrise de nombreux algorithmes et logiciels. La réalisation de ces analyses requiert l’accès à des ressources de calcul telles que des clusters de calcul. C’est dans ce cadre que l’Université Joseph KI-ZERBO (UJKZ) en partenariat avec Le Laboratoire Mixte International Patho-Bios (INERA-IRD) initie un programme de formation continue de bioinformatique au profit de la communauté scientifique.

Une session de formation dédiée à l’analyse de données de séquençage se tiendra du 7 au 11 Octobre 2019 à l’UJKZ. Elle vise à outiller les participants aux différentes analyses bioinformatiques pour mieux exploiter ces données afin de pouvoir réaliser des projets génomiques à grande échelle sur leurs modèles.

Programme

Les différents thèmes abordés dans cette formation iront d’une introduction à la génomique et la bio-informatique, à la réalisation d’analyse de données de type NGS . Cette formation sera réalisée sous la forme de différents modules avec des cours théoriques et pratiques :

• Lancer des analyses sur un cluster de calcul ;
• Présentation des différentes technologies de séquençage et d’analyses couramment réalisées avec ces technologies ;
• Analyser des données de séquençage : des fichiers bruts (fastq) à la détection de SNP ;
• Analyse post-SNP : Impact de SNPS sur les gènes, structure  des populations ;
• Introduction aux analyses des données transcriptomiques RNA-seq (assemblage des transcrits, mesure d’abondance, expression différentielle des gènes/transcrits.).