Notre objectif est ici (1) de diagnostiquer les agents phytopathogènes, (2) de rechercher les facteurs gouvernant la répartition des maladies (vecteurs, climats, plantes hôtes, plantes réservoirs, co-infections, pratiques culturales…) et (3) de comprendre le cycle de vie des bioagresseurs dans les écosystèmes à différentes échelles spatiales (plante, champ, écosystème). 

La structuration génétique des bio-agresseurs des cultures est étudiée à différentes échelles géographiques, afin d’identifier les facteurs gouvernant la structure génétique des populations, de mieux comprendre l’épidémiologie et d’inférer de possibles méthodes de lutte. Nous caractériserons la variabilité des niveaux de pathogénie et nous étudierons les facteurs responsables, notamment en termes de gènes de virulence.

Nos connaissances acquises à partir des axes 1 et 2 nous permettront de proposer des stratégies de lutte durable et qui respectent l’environnement avec des recommandations sur la gestion des périmètres cultivées et des pratiques culturales. Il s’agit de caractériser les niveaux de résistance/sensibilité des variétés locales aux principaux agents pathogènes, d’identifier de nouveaux gènes de résistance pour contribuer à l’amélioration variétale, d’étudier l’interaction génétique entre plante et pathogène et les capacités de contournement de résistance des agents pathogènes, de mettre au point des approches de biocontrôle (extraits végétaux ou agents microbiens).

En relation avec l’axe 1, nous développons des outils de diagnostic innovants et veillerons à leur transfert au producteurs via les formations et les fiches techniques. De plus, en lien avec l’axe 3, des techniques de lutte innovantes sont mises au point tels que la culture in vitro pour l’assainissement des plantes à tubercules ou encore la création de nouvelles résistances par transgénèse (RNAi) ou par édition du génome (mutagénèse ou délétion).
Enfin, les connaissances acquises sur les agents pathogènes de plantes peuvent être utilisées en biotechnologies, par exemple avec la production de protéines recombinantes d’intérêt pharmaceutique et agronomique dans les plantes.