FORMATION AU SEQUENÇAGE DE MICRO-ORGANISMES PAR LA TECHNOLOGIE OXFORD NANOPORE
Lieu :
& Université Ki-Zerbo ,Ouagadougou, Burkina Faso
Organisateurs :
P.Romuald Boua, IRSS, Ouagadougou
Isidore Bonkoungou, UJKZ/INSP, Ouagadougou
Aurore Comte, IRD, UMR PHIM, Montpellier
Amadou Dicko, IRSS, Ouagadougou
Emmanuel Fernandez, CIRAD, UMR PHIM, Baillarguet
Denis Filloux, CIRAD, UMR PHIM, Baillarguet
M. Edith. M Nikiema, UJKZ, Ouagadougou
Julie Orjuela, IRD, UMR DIADE, Montpellier
B. Ezechiel Tibiri, INERA, Ouagadougou
Fidèle Tiendrébéogo, INERA, Ouagadougou
Anas Sawadogo, Univers Bio-Medical, Ouagadougou
Issiaka Soulama, IRSS, Ouagadougou
Lundi 12 septembre 2022
Cérémonie officielle de lancement de la formation
07h00 -8h00
Arrivée et enregistrement des participants
8h00 – 9h00
Lancement officiel
– Public : Autorités politiques (Ministre de tutelle…), Autorités académiques et de recherches(Président UJKZ, DG CNRST, représentant IRD, représentant CIRAD), Enseignant.e.s et
chercheur.e.s, Partenaires privés (Univerbio…), Participant.e.s, Etudiant.e.s
9h00 – 10h00
– Allocutions des officiels
– Interviews de presse et photos
10h – 13h00
Présentation de la Technologie Oxford Nanopore
– Présentations de la technologie (1h) :
o Application ONT sur les agents pathogènes de plantes (virus)
o Application ONT sur le SARS-CoV-2 et autres virus émergents en Afrique
o Application sur le séquençage et l’annotation des génomes complets de plantes
o Application ONT en épigénétique et cancer cher l’homme
o Discussions (30mn)
– Panel (1h30)
13h – 14h30
Pause déjeuner
14h30 – 18h
Présentations : Quel Kit utilisé pour séquencer quoi ? Comment prépare-t-on une banque ?
Présentation des travaux pratiques et du kit pour la préparation de la banque cDNA-PCR « SQK-PCS109 »
Mardi 13 septembre 2022
Laboratoire de virologie et de biotechnologie végétale, LMI PathoBios, Kamboinsé (CREAF-K)
8h30 – 12h
– Analyse des échantillons/dosage des ARN extraits de plantes infectées par des virus
– Préparation des cDNA
– Amplification PCR
14h – 17h30
– Purification des produits PCR
– Dosage au Qubit
– Visualisation sur gel d’agarose des amplicons générés
Mercredi 14 septembre 2022
8h30 – 12h
– Ligation des adaptateurs
– Dépôts des banques sur Flongle et Flow cell
– Lancement du séquençage sur séquenceurs MinION (Mk1B et MK1C)
14h – 17h30
– Analyse préliminaire des résultats avec le logiciel EPI2ME-workflow FastqWIMP
– Présentation des outils bioinformatiques
Jeudi 15 septembre 2022
8h – 12h
Analyses bioinformatiques
– Obtention des fastq (basecalling)
– Evaluation qualitative du séquençage
– Nettoyage des séquences
14h -18h
Analyses bioinformatiques
– Alignement de séquences (mapping)
– Analyse des résultats des alignements
Vendredi 16 septembre 2022
8h – 12h
– Analyses de variants
– Evaluation des participants
14h – 17h
Cérémonie de la formation
– Remise des attestations
– Échanges avec les participants et les formateurs sur leurs activités de recherche et leurs projets
– Fin de la formation
